Consulta sustitución directivo.

[Practicum]

Tengo una duda: en mi centro el de estudios adjunto de Secundaria ha sido padre este curso y ha cogido el permiso en dos partes. En previsión, a un compañero le quitaron horas de clase de su horario ya desde septiembre y le sustituyó de forma no oficiosa en la primera tanda de días de permiso. El jefe de estudios ha cogido la segunda tanda hasta junio y este compañero le sustituye.
¿Esto es legal? Si es así, ¿dónde lo pone? Pensé que las funciones del adjunto de Secundaria las cogería el jefe de estudios propiamente dicho pero no ha sido así.
Gracias